در سال 1689، فرانچسكو پيكتي يك كتيبه ديواري را ديد كه در آن به decurio Pompeiis («شوراي شهر پمپئي») اشاره شده بود، اما او آن را با ويلاي پمپي مرتبط كرد. فرانچسكو بيانچيني به معناي واقعي اشاره كرد، و جوزپه ماكريني از او حمايت كرد، كه در سال 1693 برخي از ديوارها را حفاري كرد و نوشت كه پمپئي در زير La Civita قرار دارد.[61]
هركولانيوم در سال 1738 توسط كارگراني كه در حال حفاري پايههاي يك قصر تابستاني براي پادشاه ناپل، چارلز بوربن بودند، دوباره كشف شد. با توجه به كيفيت فوقالعاده يافتهها، مهندس نظامي اسپانيايي Roque Joaquín de Alcubierre حفاريهايي را براي يافتن بقاياي بيشتر در سايت پمپئي در سال 1748 انجام داد، حتي اگر شهر شناسايي نشده بود.[62] چارلز بوربن حتي پس از خروج براي پادشاهي اسپانيا به اين يافتهها علاقه زيادي نشان داد، زيرا نمايش آثار باستاني اعتبار سياسي و فرهنگي ناپل را تقويت كرد.[63] در 20 اوت 1763، كتيبه اي [...] Rei Publicae Pompeianorum [...] پيدا شد و شهر به عنوان Pompeii شناخته شد.
كارل وبر اولين كاوش هاي علمي را هدايت كرد.[65] او در سال 1764 توسط مهندس نظامي فرانسيسكو لا وگا، كه توسط برادرش، پيترو، در سال 1804 جانشين او شد، دنبال شد.[66]
هنگامي كه فرانسوي ها ناپل را در سال 1799 اشغال كردند و از 1806 تا 1815 بر ايتاليا حكومت كردند، پيشرفت زيادي در اكتشاف حاصل شد. زميني كه پمپئي در آن قرار دارد مصادره شد و تا 700 كارگر در حفاري ها به كار گرفته شدند. مناطق حفاري شده در شمال و جنوب به هم متصل شدند. بخشهايي از Via dell'Abbondanza نيز در جهت غرب به شرق در معرض ديد قرار گرفت و براي اولين بار، تصوري از اندازه و ظاهر شهر باستاني قابل درك است. در سال هاي بعد، بيل مكانيكي ها با كمبود پول دست و پنجه نرم كردند. كاوشها به كندي پيش رفت، اما با يافتههاي مهمي مانند خانههاي فاون، مناندرو، شاعر تراژيك و جراح.
طرح مناطق فيورليجوزپه فيورلي در سال 1863 مسئوليت حفاري ها را بر عهده گرفت و پيشرفت بيشتري كرد.[67] در حفاري هاي اوليه اين سايت، گاهي اوقات حفره هايي در لايه خاكستر پيدا شده بود كه حاوي بقاياي انسان بود. فيورلي متوجه شد كه اين فضاهايي هستند كه توسط اجساد تجزيه شده باقي مانده اند، و بنابراين تكنيك تزريق گچ را به آنها ابداع كرد تا اشكال قربانيان وزوويوس را بازسازي كند. اين روش هنوز هم امروزه مورد استفاده قرار ميگيرد و اكنون به جاي گچ از يك رزين شفاف استفاده ميشود، زيرا دوام بيشتري دارد و استخوانها را از بين نميبرد و امكان تجزيه و تحليل بيشتر را فراهم ميكند.[68]
فيورلي همچنين مستندات علمي را معرفي كرد. او شهر را به 9 منطقه (منطقه) و بلوك (insulae) امروزي تقسيم كرد و ورودي خانه هاي فردي (domus) را شماره گذاري كرد. فيورلي همچنين اولين نشريه ادواري را با گزارش هاي حفاري منتشر كرد. در زمان جانشينان او، كل بخش غربي شهر برملا شد.
پس از كاوشهاي فيورلي، كاوشها به شيوهاي منظمتر و در نظر گرفتهشدهتر زير نظر چندين مدير باستانشناسي ادامه يافت، اگرچه همچنان با علاقه اصلي به انجام اكتشافات ديدني و كشف خانههاي بيشتر به جاي پاسخ به سؤالات اصلي در مورد شهر و حفظ طولانيمدت آن. 69]
در دهه 1920، Amedeo Maiuri لايههاي قديميتري را در زير لايههاي سال 79 پس از ميلاد براي اولين بار حفاري كرد تا درباره تاريخ سكونتگاهها بياموزد.[70] مايوري آخرين كاوشها را در مقياس بزرگ در دهه 1950 انجام داد، و منطقه جنوب Via dell'Abbondanza و ديوار شهر تقريباً به طور كامل كشف شد، اما آنها از نظر علمي ضعيف بودند. حفاظت اتفاقي بود و بازسازيهاي او به سختي از خرابههاي اصلي تشخيص داده ميشد، كه اين يك نقص بزرگ براي مطالعه بقاياي عتيقه واقعي است. بازسازي هاي مشكوكي نيز پس از زلزله شديد سال 1359 انجام شد كه ويراني هاي زيادي به بار آورد. از آن زمان تاكنون، كار به جز كاوشها و كاوشهاي هدفمند به مناطق حفاريشده محدود شده است. كاوش هاي بيشتر در مقياس بزرگ برنامه ريزي نشده است و امروزه باستان شناسان بيشتر درگير بازسازي، مستندسازي و كاهش روند پوسيدگي ويرانه ها هستند.
در دسامبر 2018، باستان شناسان بقاياي اسب هاي مهار شده را در ويلا اسرار كشف كردند.